Третий сезон стартовал в четверг 21 сентября 2006 и завершился 17 мая 2007 года. Включает в себя 25 эпизодов. Сюжет сезона в основном был сосредоточен на переживаниях Иззи из-за смерти Дэнни, её решению вернуться на работу, и тем что за этим последовало. Брак О Мэйли и Торрес, выбор Мередит между Дереком и её новым другом Финном, последствия огнестрельных травм Бёрка и выбор новой главы отделения хирургии также были ключевыми сюжетными линиями сезона. Ближе к финалу у О Мэйли и Стивенс начался роман, Бёрк передумал вступать в брак с Янг, Веббер остался на посту главного врача, Торрес была назначена главным ординатором, а О Мейли узнал что не смог сдать экзамен стажера. В финале сезоне сериал покидает доктор Эддисон Монтгоммери и отправляется в Лос-Анджелес, чтобы начать новую жизнь, которая демонстрируется в спин-оффе "Частная практика".